1998年12月，化学工业部撤消，赛鼎公司随中国化学工程总公司进入中央直属大企业之列。2000年，根据《国务院办公厅转发建设部等部门关于中央所属工程勘察设计单位体制改革实施方案的通知》（国办发〔2000〕71号）文件精神，赛鼎公司由事业单位改制为科技型企业。